期刊简介
本刊创刊于1992年，是由上海第二医科大学口腔医学院、上海市口腔医学会共同承办的口腔医学综合性学术期刊。杂志自创办以来，严格执行党的方针、政策，及时报道口腔医学领域的新成果和新经验，被评为第二届上海市优秀科技期刊。1998年加入《中国学术期刊光盘版(CAJ-CD)》，1999年进入国家科技部中国科技论文统计源期刊，并全文上网。目前杂志已发行到香港、澳门等地区和美国、日本等国家，并吸引到不少海外优秀稿件。主要栏目有基础研究、临床研究、专栏论著、临床总结、综述、学术讲座等，适宜于从事口腔医学的各级临床医师、科研和教学人员参阅。从2001年起扩为96页，全部采用铜版纸彩色（插图）印刷。本刊网址：http://www.chinainfo.gov.cn/periodical/shkqyx/index.htm。
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首页>上海口腔医学杂志
- 杂志名称：上海口腔医学杂志
- 主管单位：上海交通大学
- 主办单位：上海交通大学医学院附属第九人民医院
- 国际刊号：1006-7248
- 国内刊号：31-1705/R
- 出版周期：双月刊
期刊荣誉：上海市优秀科技期刊期刊收录：文摘与引文数据库, 上海图书馆馆藏, CSCD 中国科学引文数据库来源期刊(含扩展版), 统计源核心期刊(中国科技论文核心期刊), 国家图书馆馆藏, CA 化学文摘(美), 知网收录(中), 维普收录(中), 万方收录(中)
非综合征型唇腭裂DNA甲基化谱的生物信息学分析
赵安达；黄怡憬；张海峰；唐雯；张美芳
关键词：非综合征型唇腭裂, DNA甲基化, 生物信息学
摘要：目的:针对非综合征型唇腭裂(non-syndrome cleft lip/cleft,NSCL/P)DNA甲基化谱,采用生物信息学技术筛选NSCL/P异常甲基化位点和异常甲基化区域,探讨DNA甲基化与NSCUP发病机制的关系.方法:从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)的数据集下载原始数据,纳入67例NSCL/P患者和59例无出生缺陷者的全血甲基化数据.数据分析包括①探针过滤、质控、归一化等数据清洗;②差异甲基化位点和差异甲基化区域等差异甲基化分析;③对差异甲基化区域所在的基因进行基因本体(Gene Ontology,GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路富集分析,明确异常DNA甲基化对生物功能学的影响.采用R 3.4.3统计学软件进行数据清洗、筛选差异甲基化位点和差异甲基化区域,采用DAVID 6.8工具对差异甲基化区域进行GO和KEGG富集分析.结果:NSCL/P患者和正常对照者差异显著的甲基化位点共814个(校正P＜0.001,|△β|＞0.125),其中NSCL/P组与对照组相比,高甲基化位点178个,低甲基化位点636个;差异显著的甲基化区域共386个(P＜0.05),其中高甲基化区域204个,低甲基化区域182个.GO富集分析显示,富集于7个生化过程相关的差异性甲基化基因共38个,富集于3个分子功能相关的差异性甲基化基因共163个,富集于3个细胞成分有关的差异性甲基化基因共114个(P＜0.01).KEGG通路分析显示,9个信号通路出现差异性甲基化基因富集,涉及59个基因(P＜0.05).结论:DNA甲基化异常可能是影响NSCL/P发生、发展的重要表观遗传学机制,为诊断标志物筛选和靶向干预提供了线索.
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